システム開発に使える補助金制度を紹介 | 申請から受給までの流れ・注意点も解説【2025年最新版】

DX (デジタルトランスフォーメーション) 推進が叫ばれる中、「新しいシステムの導入を検討しているが、高額な費用が気になり、予算の範囲内で賄うのが難しい」と悩んでいる事業者も多いのではないでしょうか。

多様な業務課題の解決に向けてぜひ活用したいのが、国や自治体による中小企業・小規模事業者向けの公的な補助金制度です。補助金制度を上手に活用することで、新規開発に関わる初期費用のコストが抑えられ、高機能なシステムを導入できます。社員の業務効率化や生産性向上を実現できるようになり、高い費用対効果が期待できます。

そこで、この記事ではシステム開発で使える補助金制度について、わかりやすく解説します。補助金活用でおすすめのシステム開発会社を複数社紹介し、申請手続き・交付決定・受給までの流れ、補助金を活用する際の注意点も詳しく解説しますので、ぜひ最後までお読み下さい。

システム開発で使える補助金制度【2025年最新版】

自社に新しいシステムを導入することで業務効率化・生産性向上・売上アップの効果が期待できる反面、初期費用が高額になりがちで、費用対効果の見込みがあるのか気になるところです。

導入コストの問題を解決するためには、国や自治体の補助金制度を活用する方法があります。ここでは、システム開発で使える4種類の補助金制度をご紹介します。

• ものづくり補助金
• 小規模事業者持続化補助金
• 事業再構築補助金
• IT導入補助金

ものづくり補助金

ものづくり補助金の正式名称は、「ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金」で、経済産業省の下部組織である中小企業庁が実施しています。新製品・新サービスの開発や海外への販路拡大に取り組む事業者向けに、生産工程における業務改善・効率化・設備費用にかかる資金をサポートする補助金制度です。

2種類の枠が設けられており、革新的な新製品・新サービスの開発に取り組む企業には製品・サービス高付加価値化枠、海外事業を進める企業にはグローバル枠が適しています。

事業再構築補助金

事業再構築補助金は、ポストコロナ時代 (コロナ禍の後) の経済的な環境が変化する状況の中で、新しい分野への進出・業態の変換など、大規模な事業の再構築に取り組む中小企業・中堅企業を支援する国の補助金制度です。

事業再構築補助金の申請手続きを行うには、認定経営革新等支援機関との連携により、事業計画書の確認を受けることが必須要件となります。新しい分野に進出するための新規システム導入や、店舗での対面販売のみの事業者が新たにオンライン通販システムを構築する際に最適な補助金制度です。

小規模事業者持続化補助金

小規模事業者持続化補助金とは、働き方改革・従業員の賃金引上げ・インボイス導入などの制度変更や、販路拡大に取り組む事業者向けの補助金制度です。他の3種類の補助金制度と比較すると、審査のハードルが低く、採択されやすいのが大きな特徴です。

申請手続きを行うにあたり、綿密な経営計画を策定し、全国各地の商工会のサポートを受けることが必要となります。通常枠・賃金引上げ枠・卒業枠・後継者支援枠・創業枠の5種類の枠があり、補助金活用の目的に沿っていれば、予約管理システム・顧客管理ツール・ECシステムの導入なども対象となります。

IT導入補助金

IT導入補助金は、業務効率化・労働生産性向上を目指してITツール導入によるDX化への取り組みを支援する補助金制度です。補助金対象となるソフトウェアやクラウドサービスなどのITツールは、事務局に登録されたものに限定されます。

たとえば、業務効率化を目指す中小企業が新規で顧客管理システムを導入する場合、提携するIT導入支援事業者のサポートを受けて、「IT導入補助金」の公式サイト上に登録されたITツールの中から最適なものを選定します。

システム開発で使える補助金制度を利用する際の流れ

補助金活用を円滑に進めるには申請・交付決定・事業報告・受給までの流れを把握しておくことが重要です。ここでは、システム開発で使えるIT導入補助金を利用する際の流れを見ていきましょう。

補助金制度の概要・公募要領を確認の上で対象事業について理解を深める

補助金活用におけるファーストステップは、補助金制度の概要や公募要領を確認して、補助金の対象となる事業について理解を深めることからスタートします。この段階で「制度の概要や公募要領は後で確認しておけばいい」と甘く見ていると、補助金の選び方を間違えてしまうこともあるので、最初が肝心です。

GビズIDプライムを取得する【「SECURITY ACTION」の宣言実施】

補助金の申請手続きを行う際には、事前に共通認証システムのGビズIDプライム (ID・パスワードなど) を取得します。これに加え、IPA (独立行政法人情報処理推進機構) の実施による「SECURITY ACTION」 (セキュリティ・アクション) の宣言も必須となります。

「SECURITY ACTION」の宣言をすることによって、「補助金制度を活用する中小企業や小規模事業者が情報セキュリティ対策への積極的な取り組みを行う」ことを意味します。

IT導入支援事業者とITツールを選ぶ

補助金の申請手続きを円滑に進めるための準備として、自社の事業課題や経営規模に応じて最適なITツールを選び、連携するIT導入支援事業者を選定します。ITツール選びのチェックポイントは以下の通りです。

• 必ず補助金対象のITツールを選ぶ (IT導入補助金2025の公式サイトに掲載された「ITツール登録リスト」を要確認)
• 自社のビジネス課題解決に直結するITツールを選ぶ
• 導入後のメンテナンスや点検、緊急トラブル時のアフターフォロー対応の良さを重視する
• セキュリティ対策が万全で安全性の高いITツールを選ぶ
• 機能拡張などカスタマイズ性に優れ、操作しやすいITツールを選ぶ

IT導入支援事業者と連携して交付申請

IT導入支援事業者と連携して事業計画を策定し、必要書類をすべて揃えて交付申請の手続きを行います。応募者が多い場合、公募期間内でも早めに締め切られることがあるため、余裕を持って早めに手続きしましょう。

交付申請内容の審査・交付決定

申請手続きが完了して事務局に受理された後、審査が実施されます。審査結果が出るまでには1ヶ月以上かかることもあります。審査完了後、採択された場合は交付結果通知が届きます。

補助金対象となる事業の実施・実績報告・受給

交付決定された後は補助事業者として、事業計画に沿って補助金の対象となる事業を開始します。事業完了後に実績報告書を事務局に提出し、承認された後に補助金を受給します。実績報告書の内容に不備があった場合は事務局から差し戻しされ、再提出が求められることがあります。

補助金を受給した後も、導入効果に関する報告書を期限内に定期的に提出する義務があります。これを怠った場合は、補助金の返還を求められることがありますのでご注意下さい。

システム開発で使える補助金制度を利用する際の注意点6つ

新しいシステム導入を検討中の企業にとって、開発費用の一部がカバーできるのが補助金制度の大きなメリットとなります。その一方で、補助金活用にはいくつかの注意点があり、以下の内容について事前に知っておくべきです。

申請から交付決定・補助金の受取りまでに時間がかかる

申請手続きから交付決定・補助金の受取りまでには、長い時間がかかります。厳しい審査を経て採択された後に交付決定の通知を受取り、その後に補助金の対象となる事業を実施して実績報告を行います。事務局で報告内容の確認が行われた後、問題がなければ補助金が支給されます。

とくに応募が集中して申請件数が増えると、審査の結果が出るまでの時間が長引くこともあります。補助金の種類や審査の状況によっては、交付決定までに2か月以上、受給までに6ヶ月以上かかるケースも稀ではありません。

補助金を受け取るタイミングに注意【事業完了後に受給】

補助金の対象となる事業実施後、実績報告を提出して事務局に承認を受けた後に、指定の金融機関に補助金が振込みされる流れとなりますので、受け取るタイミングにはご注意下さい。

補助金申請の書類を揃えるのに時間と手間がかかる

補助金の申請手続きを行う際には、必要書類をすべて揃えて提出します。システム開発で使える補助金制度に申請する際には、ITツールを導入する目的・目標・機能性・効果予測・導入の目的などを明確化して、説得力のある事業計画書を作成しなければなりません。

IT導入支援事業者との連携が必要となるため、万全な体制で書類を準備するまでには時間と手間がかかります。

申請しても必ず採択されるわけではない (審査基準が厳しく補助金制度の対象外となるケースもある)

補助金は国や自治体の公的な制度であるため、厳しい審査基準が設けられています。補助金制度の選び方や提出書類に不備があると、審査対象から除外されることもあります。審査では補助金制度との整合性・事業の必要性や有効性・投資効果 (費用対効果) など、多彩な観点から厳しく審査されます。

補助金の採択率を高めるには、制度の趣旨・目的を正しく理解した上で、専門家のサポートを受けながら完成度の高い事業計画書を作成することが重要です。

申請手続きの期限が決められている【公募期間に注意】

補助金制度は年に複数回公募されますが、申請手続きの期限が決められており、短期間で修了します。応募が集中した場合、公募期間内でも受付終了となる場合があります。提出書類やGビズIDの取得など、事前準備が必要となるため、早めに準備しましょう。

補助金の受給後は実績報告書を提出する義務がある

補助金の受給後は、提出期限までに事業の進捗状況をまとめた実績報告書を事務局に提出する義務があります。スケジュール管理を万全に整え、早めの提出を心がけましょう。期限内に提出できなかった場合は、補助金の返還が求められる場合がありますのでご注意下さい。

システム開発で使える補助金制度に関するよくある質問3つ

システム開発で使えるIT導入補助金の採択率は？

システム開発で使えるIT導入補助金の申請数・交付決定数・採択率は以下の通りです。

※【参照】IT導入補助金2025「申請数および交付決定数」
公式サイト: https://it-shien.smrj.go.jp/2024/download/grantdecision_list/
※交付決定日は2024年11月22日

システム開発で使える補助金制度の採択率を高めるポイントは？

システム開発で補助金制度の採択率を高めるには、以下の7点について事前にご確認下さい。

• 制度の趣旨や目的を正しく理解した上で最適な補助金を選定する
• 新しいシステムを開発することで何を目標にするのか明確にする (業務効率化・生産性向上・売上アップなど)
• 企業の財務管理や経営計画の見直し・改善を行う
• システム開発に関するスケジュール管理を行う
• 商工会議所・IT導入支援事業者・中小企業診断士などの専門家に相談して適切なサポートを受ける
• 事業計画書などの提出書類に誤字脱字や不備をなくすよう入念にチェックする
• 加点項目を増やせるように積極的に取り組む
  (申請内容に応じて加点される条件が設定されており、これをひとつでも多く満たすことで審査に有利になる)

補助金制度に申請しても不採択となる理由は？

補助金制度の採択率は依然として低い傾向にあり、不採択となることも多いです。不採択となった場合は、以下のような理由が考えられます。

• 補助金制度の選び方が間違っている
• 事業計画書の内容に問題がある (記載不足・数値の根拠が不明など)
• 必要書類の添付漏れ (履歴事項全部証明書・決算関連書類・納税証明書など)
• 補助金の対象外となる事業者が申請していた
• 補助金制度の対象外となる事業とみなされた
• 加点項目が少ない・ひとつも見当たらない
• 開業してから日数が浅い (経営が安定するまでには時間がかかり、財務基盤が弱く実績に乏しいため)

補助金活用でおすすめのシステム開発会社5選

補助金制度を活用したシステム開発は導入コストの負担を抑え、業務効率化・生産性向上を実現するための大きな機会となります。発注する際には、どの開発会社を選ぶのかが重要ポイントとなります。

ここでは補助金制度に熟知し、中小企業向けのDX化・IT導入サポートに特化したシステム開発会社を複数社厳選してご紹介します。開発会社選びで迷っている方は、ぜひ今後の参考にしてみて下さい。

株式会社ファーストネットジャパン【大阪・東京】

公式サイト：https://www.1st-net.jp/lp/development/

大阪・東京のファーストネットジャパンでは1998年の創業以来、IT業界に根差して25年以上に渡って、システム開発事業では数多くの実績を積み上げてきました。

中小企業や小規模事業者向けのIT化支援として、顧客管理システム・不動産管理システム・ECサイト構築・見積もりシミュレーションアプリ・メールフォームのカスタマイズなど、開発事例が豊富です。

補助金を活用したシステム開発も多数手掛けており、各種企業の業務効率化や生産性向上を実現するために最良のシステムを構築し、最適な補助金制度を提案します。「補助金を活用してシステム開発のコストを抑えたい」「システム導入後も運用サポートしてほしい」といったニーズにも柔軟に対応できます。

小売事業者向けのECサイト構築では月間売上30%アップ、製造業向けの業務管理システム開発では従業員の作業効率20%アップなど、開発実績や成功事例多数です。

メールフォームからのお問い合わせ・相談・見積りは無料、丁寧なヒアリングで各種企業が抱える多様な事業課題に寄り添い、最適な解決策を提案し、ビジネス成長を総合的にサポートします。

• 業務系システムやECサイト構築など25年以上の豊富な開発実績
• 対応可能なプログラミング言語はPHP・AWS・Node.jsなど最新技術を活用
• 業務効率化を実現するためのAIシステム開発にも特化

株式会社NEW DESIGN【名古屋】

公式サイト：https://new-design.co.jp/

株式会社NEW DESIGNは、名古屋市中区にある地域密着型のIT企業です。システム開発では業務系の分野に特化し、各種企業が抱える業務課題やニーズに応じたシステムを選定し、設計・開発・設定代行まで綿密にサポートしています。

導入後の運用・管理・メンテナンスにも柔軟に対応し、長期的なスタンスで業務改善を全力支援します。新しいシステムを導入する際には、必要に応じて補助金制度・助成金制度の選定や申請方法も丁寧にアドバイスしています。

システム開発では、建設業・医療関係・福祉・介護・アパレル・飲食業向けの勤怠管理システム・給与システム・人事管理システムなど、数多くの事例があります。この他には、社内での情報共有など円滑なコミュニケーションを図るためのツールや、データ分析機能を備えたシステムの開発・導入支援にも注力しています。

「生産性向上の繋がるIT化」をモットーとしており、システム開発事業を通じて、バックオフィスの業務効率化を実現しています。

• 設定代行や従業員向けの導入支援セミナーにも柔軟に対応
• システム導入後のトラブル対応や機能改善まで一気通貫
• データの一元管理などバックオフィスの業務効率化を全力支援

株式会社ノーコード総合研究所【京都】

公式サイト：https://nocoderi.co.jp/

京都市上京区のノーコード総合研究所は、社名の通りノーコードを駆使したシステム開発専門のIT企業です。ノーコードとは難解なプログラミング言語やソースコードを記述せずに、あらかじめ用意していたテンプレートを基にシンプルな操作でWebシステムやアプリを構築・開発する手法です。

ノーコード開発はゼロの段階からオリジナルでシステムを構築する必要はありません。そのため、ヒアリング・要件定義から設計・構築・開発・導入までの流れがスムーズで、納期を短縮化できます。「業務効率化を早期実現したい」「開発コストを節約したい」といったニーズにも柔軟に対応できるのが強みです。

新規事業を立ち上げる際は、ビジネス課題を解決するためのシステムを開発するだけにとどまらず、マーケティング戦略や販促・営業の分野まで全面的にサポートしています。

工数を要する日常業務の作業効率を高めるために、独自のDXツールの開発・導入支援にも注力しています。具体的な開発事例として、請求書自動管理システム・古物商CRMシステム・パチンコ店舗管理システムなどがあります。

• ノーコード開発で開発コストを通常の1/3に削減・納期短縮
• AIツールの導入支援で新規事業の立ち上げと業務効率化を実現
• 豊富な開発実績を基に事業設計から導入後のマーケティングまで丁寧にサポート

株式会社アスリエ【福岡】

公式サイト：https://asucreate.co.jp/

福岡市中央区に本拠地を置くアスリエは、中小企業向けのシステム開発からコーポレートサイト・採用サイト・ECサイトなどのホームページ制作まで、幅広く対応できるIT企業です。Webシステム開発では各種企業の求めるニーズや業務課題に合わせて、カスタマイズ性に優れた高機能なシステムを設計・構築しています。新規システムの開発はもちろん、既存システムやアプリの機能改善・リニューアルも対応可能です。

ユーザー体験を最優先して、直感的な操作で使い勝手の良いインターフェースを設計・構築し、リリース後の運用・保守・管理まで徹底した自社一貫体制です。業務管理系では販売管理・在庫管理・顧客管理・人事管理システムなど、開発実績が豊富です。BtoB (企業から企業向け) のQRコード型顔認証アプリ・BtoC (企業から一般消費者向け) の生活サポートマッチングサービスアプリなども新たに開発し、好評を博しています。

「開発コストを予算の範囲内に抑えたい」といった補助金活用に関する相談にも柔軟に対応しており、丁寧なコミュニケーションで最適な補助金を提案し、事業成功をサポートしています。

• 他社システムとのAPI連携でスムーズな情報連携を実現
• サーバー環境やデスクトップで動作する高機能なアプリケーションを開発
• 開発作業工程の一部のみ (要件定義書の作成・システム設計) にも柔軟に対応

株式会社ALT（アルト）【札幌】

公式サイト：https://a-l-t.net/

ALT（アルト）は札幌市中央区にあるシステム開発会社です。社名のALTは「こんなサービスがあったらいいな」という要望を「ITソリューションで創り上げたい」との願いが込められています。

各種企業が抱える多様なビジネス課題をスムーズに解決するために、メールフォームからのお問い合わせにはスピード重視で対応しています。ヒアリング内容を基に最適なIT戦略とシステムを提案し、自社スタッフがワンチームとなって開発プロジェクトを進行します。

完成したシステムを納品したらそれで完結ではなく、導入後の運用支援にも注力しています。万が一、システムエラーやトラブルが発生した場合は迅速に対応し、事業に支障をきたすことのないように綿密にサポートします。

ALTではIT導入補助金や事業再構築補助金など、国の補助金制度を活用したシステム開発にも注力しています。クラウドサービスのSaas・顧客管理システム・ECサイト構築など、開発・導入支援実績も豊富です。

• 導入初期サポートは一定期間無料で対応 (設定・トラブルシューティング)
• リモートや対面による打ち合わせに対応【開発期間は最短3ヶ月】
• 補助金活用に精通したベンダーが中小企業や小規模事業者向けの業務改善をサポート

システム開発に使える補助金制度を紹介 | 申請から受給までの流れ・注意点も解説【2025年最新版】　まとめ

この記事では、システム開発に使える補助金制度を紹介し、申請から交付決定・受給までの流れ、補助金活用の注意点を解説しました。今回はものづくり補助金・事業再構築補助金・小規模事業者持続化補助金・IT導入補助金の4種類の制度を中心にご紹介しましたが、この他にも全国各地の自治体で独自の補助金・助成金制度がありますので、最新情報をチェックしてみて下さい。

補助金を活用する際には制度の概要や主旨をよく理解した上で必要書類を準備して、時間に余裕を持ってスケジュールを組み、早めに申請手続きを行いましょう。

自社の抱える業務課題を解決するためには適切な補助金制度を選定し、信頼できるITツールとIT導入支援事業者を選ぶことが肝心です。補助金を上手に活用してDX推進に取り組み、業務改善と生産性向上への第一歩を踏み出してはいかがでしょうか。

この記事の監修者

齊藤 真也

株式会社ファーストネットジャパン 代表取締役

1998 年創業時からアプリ開発・Web マーケティング・フルリモート SES・ホームページ制作・翻訳・グラフィックデザインなど幅広い IT／クリエイティブ領域を手がけ、2,000 件超のプロジェクトを統括。高松市出身。「圧倒的努力」を座右の銘に、技術とデザインの両面でクライアントの課題解決を支援してきました。
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